Il progetto Grey Zone applica soglie biochimiche a 51 varianti del gene ABCD1 emerse dai programmi di screening, distinguendo i casi a rischio da quelli che non richiedono ulteriori controlli
Ventisei varianti genetiche su cinquantino esaminate sono risultate non associate ad alcun rischio di malattia, evitando ai bambini coinvolti risonanze magnetiche ed esami del sangue ripetuti negli anni. È uno dei risultati principali dello studio “Il progetto Grey Zone: classificazione basata sul rischio delle varianti di ABCD1 nell’adrenoleucodistrofia legata al cromosoma X“, pubblicato sul Journal of Inherited Metabolic Disease e firmato da un gruppo internazionale. La ricerca affronta uno dei nodi più delicati dello screening neonatale per l’adrenoleucodistrofia (ALD): la gestione delle varianti genetiche di significato incerto, che negli ultimi anni sono aumentate insieme alla diffusione dei programmi di screening.
COS’È L’ADRENOLEUCODISTROFIA E PERCHÉ SI CERCA ALLA NASCITA
L’ALD legata al cromosoma X (X-ALD) è una malattia neurometabolica causata da varianti patogene del gene ABCD1, che colpisce circa un neonato su 17.000. Chi ne è affetto nasce senza sintomi, che si manifestano poi in modo progressivo. Nei maschi, oltre l’80% sviluppa insufficienza surrenalica, trattabile con terapia sostitutiva a base di corticosteroidi, e circa il 60% è a rischio di ALD cerebrale (CALD), una forma che colpisce la sostanza bianca del cervello e per cui il trapianto di cellule staminali o la terapia genica danno risultati ottimali solo se somministrati dopo la comparsa delle prime lesioni visibili alla risonanza magnetica, ma prima dell’esordio dei sintomi. Da qui l’utilità di individuare la malattia già alla nascita: lo screening, introdotto per la prima volta nello Stato di New York nel 2013 e oggi diffuso nella maggior parte degli Stati Uniti, a Taiwan e nei Paesi Bassi, misura i livelli di un marcatore biochimico, la lisofosfatidilcolina C26:0 (LPC(26:0)), su un campione di sangue essiccato, per poi procedere con il test genetico sulle varianti di ABCD1. In Italia, lo screening per la X-ALD è stato avviato in Lombardia, con un progetta pilota.
IL PROBLEMA DELLE VARIANTI DI SIGNIFICATO INCERTO
Il test genetico, però, identifica spesso varianti di significato incerto (VUS): mutazioni che non rientrano chiaramente né tra quelle benigne né tra quelle patogene, e il cui effetto reale sulla salute resta quindi da chiarire. Il fenomeno, spiegano gli autori, è legato a un cambiamento nel modo in cui si fanno oggi i test genetici: fino a qualche anno fa venivano eseguiti soprattutto su pazienti già sintomatici, per confermare un sospetto clinico. Con la riduzione dei costi del sequenziamento e la diffusione dello screening di popolazione, il test viene invece applicato su larga scala a individui senza alcun sintomo, e questo ha fatto aumentare in modo significativo il numero di varianti incerte individuate.
Analizzando ClinVar, il database pubblico più utilizzato per l’interpretazione delle varianti genetiche, i ricercatori hanno riscontrato che su 1.565 varianti missenso del gene ABCD1 catalogate (mutazioni che alterano un singolo aminoacido della proteina prodotta dal gene, senza interromperne del tutto la produzione) il 46% risulta classificato come VUS, contro il 20% patogeno e il 4% benigno. Un caso citato nello studio rende bene l’entità del problema: la variante p.Ser606Pro è stata segnalata da otto laboratori diversi, che le hanno attribuito quattro classificazioni differenti, dalla benigna alla probabilmente patogena, senza che nessuno di essi la definisse patogena. Il Registro delle Varianti ABCD1, un database curato da esperti che raccoglie casistica clinica dettagliata anche non pubblicata, la classifica invece come patogena sulla base di nove casi clinici confermati in letteratura e di prove di laboratorio sulla funzionalità della proteina. Integrando i dati di ClinVar con quelli del Registro, la quota complessiva di VUS scende dal 46% al 40%, mentre le classificazioni patogene salgono dal 20% al 31% e quelle benigne dal 4% al 15%.
Come si legge nello studio, l’incertezza non riguarda solo l’ALD: la stessa proporzione elevata di VUS si ritrova in altri 18 geni frequentemente analizzati in ambito oncologico, cardiologico, neurologico e delle malattie metaboliche ereditarie, segno di una sfida diffusa nella genomica clinica e non di un limite specifico dello screening per l’ALD.
IL MODELLO DI STRATIFICAZIONE DEL RISCHIO
Per affrontare il problema, il gruppo di ricerca ha sviluppato un sistema di classificazione basato sui livelli di LPC(26:0), calcolato attraverso un’analisi delle curve ROC (uno strumento statistico che permette di individuare la soglia più efficace per distinguere due gruppi di pazienti) su dati raccolti da 1.627 soggetti di controllo e 196 pazienti con X-ALD confermata. Ne sono emerse tre categorie di rischio: “nessuna ALD” per valori inferiori a 110 nmol/L, con sensibilità e specificità del 100% nella coorte analizzata; “AI/CALD a basso rischio” tra 110 e 177 nmol/L; “AI/CALD a rischio” sopra i 177 nmol/L, quest’ultima soglia individuata privilegiando una sensibilità del 95% per non perdere casi realmente a rischio.
I RISULTATI DEL GREY ZONE PROJECT
Applicando il modello a 108 partecipanti con una VUS in ABCD1, rappresentativi di 51 varianti uniche (identificate tramite screening neonatale o come reperti incidentali di altri test genetici), i ricercatori hanno classificato 26 varianti come “nessuna ALD”, 15 come “a basso rischio” e 10 come “a rischio”. Un esempio citato nello studio riguarda la variante p.Lys533Gln, segnalata 12 volte nei programmi di screening dal 2013: lo studio di nove uomini adulti portatori, tra i 36 e i 76 anni, senza storia di insufficienza surrenalica o CALD, per un totale di 536 anni cumulativi liberi da malattia, ha permesso di riclassificarla come “a basso rischio”. Per l’analisi, i ricercatori hanno anche stabilito che il prelievo debba avvenire dopo i 100 giorni di vita, perché nei primi mesi il maggior numero di globuli rossi nel sangue altera i livelli misurati di LPC(26:0) nei campioni essiccati.
I LIMITI RICONOSCIUTI DAGLI AUTORI
Gli stessi ricercatori segnalano alcuni limiti del modello. Il gruppo usato come riferimento per la soglia di basso rischio, composto da persone sopra i 55 anni senza insufficienza surrenalica né CALD, è piccolo (27 individui), il che potrebbe ridurre la precisione di quella soglia specifica. Le analisi, inoltre, sono state condotte in un unico laboratorio diagnostico: questo riduce la variabilità tecnica dei risultati ma ne limita la trasferibilità diretta ad altri centri, perché fattori come la manipolazione dei campioni o la calibrazione della strumentazione possono modificare i valori misurati altrove. Il modello, infine, non tiene conto di eventuali fattori genetici o ambientali che potrebbero influenzare quanto una variante si manifesti clinicamente.
Il modello del Grey Zone Project, spiegano gli autori, non sostituisce le classificazioni genetiche standard ma le integra con dati biochimici e clinici, permettendo di concentrare la sorveglianza intensiva sui bambini che ne hanno davvero bisogno e di sollevare le famiglie a basso rischio da controlli non necessari. Gli stessi autori indicano però che il passo successivo è validare il modello su coorti più ampie e in diversi paesi, sottolineando come la collaborazione internazionale resti indispensabile per affinare le soglie di rischio e renderle applicabili a un numero crescente di varianti e popolazioni.
